フォルダを作成後、パーミッション（属性）の変更で、644や666にしますと、ftpではフォルダを見ることができなくなります。
そのため、同じ名前でフォルダを作成しようとしても、既にフォルダはありますので、作成することができなくなります。
また、同様に、多階層のフォルダを作成した場合（フォルダの中にフォルダなど）、中にあるフォルダのパーミッションが上記同様に644や666だと、見れないだけではなく、そのフォルダが削除することができないため、上位フォルダ（フォルダの元フォルダ）も削除することができなくなります。
弊社のサーバーでは、フォルダは、755や777などの7と5のパーミッション、ファイルが644や666などの6と4のパーミッションになります。
もし、見えなくなったフォルダはftpでは削除などできませんので、弊社までご確認くださいませ。
